Team Equipe Команда Team members Membres de l'équipe Члены команды Attributions Attributions Авторство Sponsors Sponsors Спонсоры Collaborations Collaborations Коллаборации Partnership Partnership Партнерство Project Projet Проект Description Description Описание Design Design Дизайн Results Résultats Результаты Engineering Success Engineering Success Успех в инженерии Laboratory Laboratoire Лаборатория Experiments Expériences Эксперименты Hardware Hardware Установка Parts Biobricks Части Contribution Contribution Вклад Safety Sécurité Безопасность Proof of concept Preuve du concept Подтверждение модели Notebook Cahier de laboratoire Лаб. книга Model Modèle Моделирование Software Logiciel Софт/ПО Societal outreach Ouverture sur la société Работа с обществом Integrated Human Practices Sciences Humaines Intégrées Cвязанная с проектом Science Education Sensibilisation aux sciences Просветительская деятельностьм Inclusivity Inclusion Инклюзивность Implementation Implémentation Реализация Science Communication Communication Scientifique научная коммуникация Awards Prix Награды Langues Languages Языки English Français Русский Colors Couleurs Цвет текста Tout texte All text Текст Remettre à 0 Reset Сброс настроек Assistance navigation Handsfree assistant Голосовой помощник Speech recognition Reconnaissance vocale Голосовой помощник Start speech recognition *click above to start the speech recognition assistance. Speak clearly and and say the name of a page.More informations: To escape from the flashlight animation of the home page = right click. If the animations do not start on the home page, please refresh the page. Table of contents Cas13a protein Cas14 proteins Cascade CRISPR/Cas design Design Conception Дизайн Cas13a protein Cas13a is a RNA-dependent RNAse from the Gram-negative bacterium Leptotrichia buccalis belonging to the class VI CRISPR-Cas systems measuring 1159 amino acids. Its activation by hybridization of the crRNA with which it is associated with its complementary single-stranded RNA allows it to cleave any single-stranded RNA in an aspecific manner, this phenomenon is called collateral activity. This collateral activity allows the use of this protein for the detection of RNAs using a fluorescent single-stranded RNA reporter. La protéine Cas13a Cas13a est une ARNase ADN-dépendante de la bactérie Gram-négative Leptotrichia buccalis appartenant à la classe VI des systèmes CRISPR-Cas mesurant 1159 acides aminés. Son activation par hybridation du crRNA auquel elle est associée avec son ARN simple brin complémentaire lui permet de cliver tout ARN simple brin de manière aspécifique, ce phénomène est appelé activité collatérale. Cette activité collatérale permet l'utilisation de cette protéine pour la détection d'ARN à l'aide d'un rapporteur ARN simple brin fluorescent. Cas13a белок Cas13a представляет собой ДНК-зависимую РНКазу грамотрицательной бактерии Leptotrichia buccalis , принадлежащую к системе CRISPR-Cas класса VI и имеющую 1159 аминокислот. Его активация путем гибридизации crRNA, с которой он связан, с его комплементарной одноцепочечной РНК позволяет ему расщеплять любую одноцепочечную РНК неспецифическим образом, это явление называется коллатеральной активностью. Эта коллатеральная активность позволяет использовать этот белок для обнаружения РНК с помощью флуоресцентного репортера одноцепочечной РНК. Cas14 proteins Cas12f proteins also called Cas14 are proteins identified mainly in the superphylum of DPANN archaea that can measure between about 400 and 700 amino acids belonging to class V CRISPR-Cas systems. These single-stranded DNA cleaving nucleases are guided by an sgRNA hybridizing to the target DNA. Activation of the nuclease activity of these proteins requires them to dimerize and allows them to cleave single-stranded DNA aspecifically. As for Cas13a, this collateral activity allows the use of this protein for the detection of RNAs using a fluorescent single-stranded DNA reporter. Les protéines cas14 Les protéines Cas12f également appelées Cas14 sont des protéines identifiées principalement dans le superphylum des archées DPANN qui peuvent mesurer entre environ 400 et 700 acides aminés appartenant aux systèmes CRISPR-Cas de classe V. Ces nucléases clivant l'ADN simple brin sont guidées par un sgRNA s'hybridant à l'ADN cible. L'activation de l'activité nucléase de ces protéines nécessite leur dimérisation et leur permet de cliver l'ADN simple brin de manière aspécifique. Comme pour Cas13a, cette activité collatérale permet l'utilisation de cette protéine pour la détection d'ARNs à l'aide d'un rapporteur d'ADN simple brin fluorescent. Cas14 белки Белки Cas12f, также называемые Cas14, представляют собой белки, идентифицированные в основном в суперфиле архей DPANN, размером примерно от 400 до 700 аминокислот, принадлежащих к системам CRISPR-Cas класса V. Эти нуклеазы, расщепляющие одноцепочечную ДНК, регулируются гибридизацией sgRNA для нацеливания на ДНК. Активация нуклеазной активности этих белков требует их димеризации и позволяет им расщеплять одноцепочечную ДНК неспецифическим образом. Аналогично Cas13a, эта коллатеральная активность позволяет использовать этот белок для обнаружения РНК с помощью флуоресцентного репортера одноцепочечной ДНК. Cascade CRISPR/Cas design FIGURE 1 : Activation of Cas13a by the miRNA Cas13a, a RNA-dependent RNAse Cas protein, associated with its crRNA recognizes specifically an miRNA whose sequence is complementary to that of the crRNA. The annealing between the miRNA and the crRNA activates the non-specific RNAse activity of Cas13a. FIGURE 2 : Cleavage of ST-HP by activated Cas13a Activated Cas13a is then able to clive the ssDNA-stable hairpin (ST-HP) which carries two uracil ribonucleotides in its loop (in red). FIGURE 3 : Activation of Cas14a1 complex by cleaved ST-HP One of the fragments released by ST-HP cleavage can then hybridize with sgRNA associated with Cas14a1, a RNA-dependent DNAse Cas protein, and activate it. As Cas13a, RNAse activity of activated Cas14a1 is non-specific. FIGURE 4 : Cleavage of the ssDNA probe by activated Cas14a1 Activated Cas14a1 can then cleave a ssDNA reporter (DNA probe), thereby separating the fluorophore (green circle) from the quencher (black circle) to allow fluorescence emission. FIGURE 5: Principle of the CRISPR/Cas Cascade for detection of miRNA adapted from Sha et al., 2021. Cascade CRISPR/Cas design FIGURE 1 : Activation de Cas13a by le miRNA Cas13a1, une protéine ARNase ARN-dépendante, associée à son crRNA reconnaît spécifiquement un miRNA dont la séquence est complémentaire à celle du crRNA. L'hybridation entre le miRNA et le crRNA active l'activité ARNase non spécifique de Cas13a. FIGURE 2 : Coupure de la ST-HP par la Cas13a activée Cas13a activée est alors capable de cliver une structure ADN en épingle à cheveux (ST-HP) qui présente deux ribonucléotides d'uracile dans sa boucle (en rouge). FIGURE 3 : Activation du complexe Cas14a1 par la ST-HP clivée L'un des fragments libérés par le clivage de la ST-HP peut alors s'hybrider avec le sgRNA associé à Cas14a1, une protéine Cas ADNase ARN-dépendante, et l'activer. Comme pour Cas13a, l'activité ARNase de Cas14a1 activée est non spécifique. FIGURE 4 : Clivage du probe ADNsb par Cas14a1 activée La Cas14a1 activée peut alors cliver le rapporteur ADNsb (sonde ADN), séparant ainsi le fluorophore (cercle vert) du quencher (cercle noir) pour permettre une émission de fluorescence. FIGURE 5: Principe de la Cascade CRISPR/Cas pour la detection de miRNAs adapté de Sha et al., 2021. Дизайн CRISPR/Cas каскада РИСУНОК 1: Активация Cas13a микроРНК Cas13a, РНК-зависимая РНКаза Cas-белок, связанный с его crРНК, специфически распознает miRNA, последовательность которой комплементарна последовательности crRNA. Отжиг между miRNA и crRNA активирует неспецифическую РНКазную активность Cas13a. РИСУНОК 2: Расщепление шпильки ST-HP активированным Cas13a Активированный Cas13a затем может вырезать стабильную шпильку оцДНК (ST-HP), которая несет в своей петле два урацил-рибонуклеотида (отмечены красным). РИСУНОК 3: Активация комплекса Cas14a1 расщепленной шпилькой ST-HP Один из фрагментов, высвобождаемых при расщеплении ST-HP, может затем гибридизоваться с sgRNA, ассоциированным с Cas14a1, РНК-зависимым белком Cas ДНКазы, и активировать его. Как и Cas13a, РНКазная активность активированного Cas14a1 неспецифична. РИСУНОК 4: Расщепление зонда оцДНК активированным Cas14a1 Активированный Cas14a1 может затем расщепить репортер оцДНК (ДНК-зонд), тем самым отделяя флуорофор (яркий зеленый кружок) от гасителя (черный кружок), чтобы обеспечить испускание флуоресценции. РИСУНОК 5: Принцип CRISPR/Cas каскада для обнаружения miRNA, адаптированный из Sha et al., 2021.
Cas13a protein Cas13a is a RNA-dependent RNAse from the Gram-negative bacterium Leptotrichia buccalis belonging to the class VI CRISPR-Cas systems measuring 1159 amino acids. Its activation by hybridization of the crRNA with which it is associated with its complementary single-stranded RNA allows it to cleave any single-stranded RNA in an aspecific manner, this phenomenon is called collateral activity. This collateral activity allows the use of this protein for the detection of RNAs using a fluorescent single-stranded RNA reporter.
La protéine Cas13a Cas13a est une ARNase ADN-dépendante de la bactérie Gram-négative Leptotrichia buccalis appartenant à la classe VI des systèmes CRISPR-Cas mesurant 1159 acides aminés. Son activation par hybridation du crRNA auquel elle est associée avec son ARN simple brin complémentaire lui permet de cliver tout ARN simple brin de manière aspécifique, ce phénomène est appelé activité collatérale. Cette activité collatérale permet l'utilisation de cette protéine pour la détection d'ARN à l'aide d'un rapporteur ARN simple brin fluorescent.
Cas13a белок Cas13a представляет собой ДНК-зависимую РНКазу грамотрицательной бактерии Leptotrichia buccalis , принадлежащую к системе CRISPR-Cas класса VI и имеющую 1159 аминокислот. Его активация путем гибридизации crRNA, с которой он связан, с его комплементарной одноцепочечной РНК позволяет ему расщеплять любую одноцепочечную РНК неспецифическим образом, это явление называется коллатеральной активностью. Эта коллатеральная активность позволяет использовать этот белок для обнаружения РНК с помощью флуоресцентного репортера одноцепочечной РНК.
Cas14 proteins Cas12f proteins also called Cas14 are proteins identified mainly in the superphylum of DPANN archaea that can measure between about 400 and 700 amino acids belonging to class V CRISPR-Cas systems. These single-stranded DNA cleaving nucleases are guided by an sgRNA hybridizing to the target DNA. Activation of the nuclease activity of these proteins requires them to dimerize and allows them to cleave single-stranded DNA aspecifically. As for Cas13a, this collateral activity allows the use of this protein for the detection of RNAs using a fluorescent single-stranded DNA reporter.
Les protéines cas14 Les protéines Cas12f également appelées Cas14 sont des protéines identifiées principalement dans le superphylum des archées DPANN qui peuvent mesurer entre environ 400 et 700 acides aminés appartenant aux systèmes CRISPR-Cas de classe V. Ces nucléases clivant l'ADN simple brin sont guidées par un sgRNA s'hybridant à l'ADN cible. L'activation de l'activité nucléase de ces protéines nécessite leur dimérisation et leur permet de cliver l'ADN simple brin de manière aspécifique. Comme pour Cas13a, cette activité collatérale permet l'utilisation de cette protéine pour la détection d'ARNs à l'aide d'un rapporteur d'ADN simple brin fluorescent.
Cas14 белки Белки Cas12f, также называемые Cas14, представляют собой белки, идентифицированные в основном в суперфиле архей DPANN, размером примерно от 400 до 700 аминокислот, принадлежащих к системам CRISPR-Cas класса V. Эти нуклеазы, расщепляющие одноцепочечную ДНК, регулируются гибридизацией sgRNA для нацеливания на ДНК. Активация нуклеазной активности этих белков требует их димеризации и позволяет им расщеплять одноцепочечную ДНК неспецифическим образом. Аналогично Cas13a, эта коллатеральная активность позволяет использовать этот белок для обнаружения РНК с помощью флуоресцентного репортера одноцепочечной ДНК.
Cascade CRISPR/Cas design FIGURE 1 : Activation of Cas13a by the miRNA Cas13a, a RNA-dependent RNAse Cas protein, associated with its crRNA recognizes specifically an miRNA whose sequence is complementary to that of the crRNA. The annealing between the miRNA and the crRNA activates the non-specific RNAse activity of Cas13a. FIGURE 2 : Cleavage of ST-HP by activated Cas13a Activated Cas13a is then able to clive the ssDNA-stable hairpin (ST-HP) which carries two uracil ribonucleotides in its loop (in red). FIGURE 3 : Activation of Cas14a1 complex by cleaved ST-HP One of the fragments released by ST-HP cleavage can then hybridize with sgRNA associated with Cas14a1, a RNA-dependent DNAse Cas protein, and activate it. As Cas13a, RNAse activity of activated Cas14a1 is non-specific. FIGURE 4 : Cleavage of the ssDNA probe by activated Cas14a1 Activated Cas14a1 can then cleave a ssDNA reporter (DNA probe), thereby separating the fluorophore (green circle) from the quencher (black circle) to allow fluorescence emission. FIGURE 5: Principle of the CRISPR/Cas Cascade for detection of miRNA adapted from Sha et al., 2021.
Cascade CRISPR/Cas design FIGURE 1 : Activation de Cas13a by le miRNA Cas13a1, une protéine ARNase ARN-dépendante, associée à son crRNA reconnaît spécifiquement un miRNA dont la séquence est complémentaire à celle du crRNA. L'hybridation entre le miRNA et le crRNA active l'activité ARNase non spécifique de Cas13a. FIGURE 2 : Coupure de la ST-HP par la Cas13a activée Cas13a activée est alors capable de cliver une structure ADN en épingle à cheveux (ST-HP) qui présente deux ribonucléotides d'uracile dans sa boucle (en rouge). FIGURE 3 : Activation du complexe Cas14a1 par la ST-HP clivée L'un des fragments libérés par le clivage de la ST-HP peut alors s'hybrider avec le sgRNA associé à Cas14a1, une protéine Cas ADNase ARN-dépendante, et l'activer. Comme pour Cas13a, l'activité ARNase de Cas14a1 activée est non spécifique. FIGURE 4 : Clivage du probe ADNsb par Cas14a1 activée La Cas14a1 activée peut alors cliver le rapporteur ADNsb (sonde ADN), séparant ainsi le fluorophore (cercle vert) du quencher (cercle noir) pour permettre une émission de fluorescence. FIGURE 5: Principe de la Cascade CRISPR/Cas pour la detection de miRNAs adapté de Sha et al., 2021.
Дизайн CRISPR/Cas каскада РИСУНОК 1: Активация Cas13a микроРНК Cas13a, РНК-зависимая РНКаза Cas-белок, связанный с его crРНК, специфически распознает miRNA, последовательность которой комплементарна последовательности crRNA. Отжиг между miRNA и crRNA активирует неспецифическую РНКазную активность Cas13a. РИСУНОК 2: Расщепление шпильки ST-HP активированным Cas13a Активированный Cas13a затем может вырезать стабильную шпильку оцДНК (ST-HP), которая несет в своей петле два урацил-рибонуклеотида (отмечены красным). РИСУНОК 3: Активация комплекса Cas14a1 расщепленной шпилькой ST-HP Один из фрагментов, высвобождаемых при расщеплении ST-HP, может затем гибридизоваться с sgRNA, ассоциированным с Cas14a1, РНК-зависимым белком Cas ДНКазы, и активировать его. Как и Cas13a, РНКазная активность активированного Cas14a1 неспецифична. РИСУНОК 4: Расщепление зонда оцДНК активированным Cas14a1 Активированный Cas14a1 может затем расщепить репортер оцДНК (ДНК-зонд), тем самым отделяя флуорофор (яркий зеленый кружок) от гасителя (черный кружок), чтобы обеспечить испускание флуоресценции. РИСУНОК 5: Принцип CRISPR/Cas каскада для обнаружения miRNA, адаптированный из Sha et al., 2021.
