Difference between revisions of "Team:Vilnius-Lithuania/Measurement"

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            <h3 class="index-headline">          Headline 1         
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          <h3 class="index-headline">
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            </h3>  
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          Introduction
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            <p>           Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus              ac enim id metus rutrum blandit sed non dolor. Pellentesque              feugiat odio eu imperdiet rutrum. Duis consectetur porttitor enim,              id elementum nibh tempus in. Nulla ut massa rutrum, ullamcorper              dui et, posuere velit. Cras viverra, tortor at porta pulvinar,              libero eros pulvinar orci, sed pulvinar neque felis eget dui.              Fusce laoreet libero vitae nunc hendrerit consequat. Nunc eget              bibendum turpis. Vestibulum pulvinar interdum mauris nec congue.              Etiam id nunc ac risus dictum semper sed in nisl.        
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          <p>
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            <ul>
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            To evaluate selected promoters’ strength in our chassis, fluorescence measurements were conducted. What is more, they allowed testing novel mRNA cyclization in our system.
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              <li>            Item 1            
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          </p>
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           <h3 class="index-headline">
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              <li>            Item 2         
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             Calibration
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              </li>
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              <li>            Item 3         
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           <p>
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              </li>  
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             Before the actual fluorescence measurement, we performed calibration with the iGEM measurement kit according to the <a href="https://www.protocols.io/view/calibration-protocol-plate-reader-fluorescence-cal-6zrhf56" target=”_blank”>standard protocol</a>. This calibration allowed us to choose the most appropriate gain settings in the plate reader. The obtained curve can be seen in figure 1 below.
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             </ul>
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          </p>
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            <ol>
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              <li>           Item 1         
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          <div class="figure-container">
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              </li>  
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          <img alt="" id="Figure1" src="https://static.igem.org/mediawiki/2021/d/de/T--Vilnius-Lithuania--placeholder.png"/>
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              <li>           Item 2         
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          <div>
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              </li>
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            <b>
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              <li>            Item 3         
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            Fig. 1.
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            </b>
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             </ol>
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             Fluorescence measurement calibration curve
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            <p>          Cras ultrices eu massa vitae congue. Vestibulum arcu enim, congue              id lacus at, laoreet fringilla tortor. Praesent libero nunc,              maximus vel suscipit nec, fringilla sed augue. Praesent porttitor              vehicula efficitur. Aenean ac bibendum lectus. Praesent vestibulum              velit ut nunc accumsan, non molestie erat pretium. In a ante              vulputate, semper sapien at, tristique erat. Morbi vitae euismod              eros, at pulvinar erat. Vivamus auctor arcu sed tellus egestas,              vitae imperdiet eros viverra. Nulla molestie sapien vitae ipsum              pulvinar dictum. Sed sit amet dolor a neque dictum malesuada et              nec lectus. Aenean tristique ornare nisl, at imperdiet magna              placerat eget. Suspendisse ut blandit elit, sit amet iaculis ex.              Nam vel varius velit. Aenean pretium scelerisque enim, quis mollis              nunc finibus eu.         
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            <p>          Cras ultrices eu massa vitae congue. Vestibulum arcu enim, congue              id lacus at, laoreet fringilla tortor. Praesent libero nunc,              maximus vel suscipit nec, fringilla sed augue. Praesent porttitor              vehicula efficitur. Aenean ac bibendum lectus. Praesent vestibulum              velit ut nunc accumsan, non molestie erat pretium. In a ante              vulputate, semper sapien at, tristique erat. Morbi vitae euismod              eros, at pulvinar erat. Vivamus auctor arcu sed tellus egestas,              vitae imperdiet eros viverra. Nulla molestie sapien vitae ipsum              pulvinar dictum. Sed sit amet dolor a neque dictum malesuada et              nec lectus. Aenean tristique ornare nisl, at imperdiet magna              placerat eget. Suspendisse ut blandit elit, sit amet iaculis ex.              Nam vel varius velit. Aenean pretium scelerisque enim, quis mollis              nunc finibus eu.         
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          <h3 class="index-headline">
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            </p>
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          Measurement
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            <p>          Cras ultrices eu massa vitae congue. Vestibulum arcu enim, congue              id lacus at, laoreet fringilla tortor. Praesent libero nunc,              maximus vel suscipit nec, fringilla sed augue. Praesent porttitor              vehicula efficitur. Aenean ac bibendum lectus. Praesent vestibulum              velit ut nunc accumsan, non molestie erat pretium. In a ante              vulputate, semper sapien at, tristique erat. Morbi vitae euismod              eros, at pulvinar erat. Vivamus auctor arcu sed tellus egestas,              vitae imperdiet eros viverra. Nulla molestie sapien vitae ipsum              pulvinar dictum. Sed sit amet dolor a neque dictum malesuada et              nec lectus. Aenean tristique ornare nisl, at imperdiet magna              placerat eget. Suspendisse ut blandit elit, sit amet iaculis ex.              Nam vel varius velit. Aenean pretium scelerisque enim, quis mollis              nunc finibus eu.         
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            <h3 class="index-headline">           Headline 2         
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            At first, the fluorescence of bacteria containing pTRKH2+sfGFP or pTRKH2+loop+sfGFP plasmids with different promoters was measured.
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            <p>          Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus              ac enim id metus rutrum blandit sed non dolor. Pellentesque              feugiat odio eu imperdiet rutrum. Duis consectetur porttitor enim,              id elementum nibh tempus in. Nulla ut massa rutrum, ullamcorper              dui et, posuere velit. Cras viverra, tortor at porta pulvinar,              libero eros pulvinar orci, sed pulvinar neque felis eget dui.              Fusce laoreet libero vitae nunc hendrerit consequat. Nunc eget              bibendum turpis. Vestibulum pulvinar interdum mauris nec congue.              Etiam id nunc ac risus dictum semper sed in nisl.        
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          <p>
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            After literature analysis, it was decided to repeat the experiment while using longer sequence protein TAL fused with sfGFP. The measurements were performed in <i>E. coli</i> Nissle 1917 as well as in <i>E. coli</i> DH5α and in different temperatures.
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            <p>           Cras ultrices eu massa vitae congue. Vestibulum arcu enim, congue              id lacus at, laoreet fringilla tortor. Praesent libero nunc,              maximus vel suscipit nec, fringilla sed augue. Praesent porttitor              vehicula efficitur. Aenean ac bibendum lectus. Praesent vestibulum              velit ut nunc accumsan, non molestie erat pretium. In a ante              vulputate, semper sapien at, tristique erat. Morbi vitae euismod              eros, at pulvinar erat. Vivamus auctor arcu sed tellus egestas,              vitae imperdiet eros viverra. Nulla molestie sapien vitae ipsum              pulvinar dictum. Sed sit amet dolor a neque dictum malesuada et              nec lectus. Aenean tristique ornare nisl, at imperdiet magna              placerat eget. Suspendisse ut blandit elit, sit amet iaculis ex.              Nam vel varius velit. Aenean pretium scelerisque enim, quis mollis              nunc finibus eu.         
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             Measurements were done according to the protocol from “Protocols and materials” document.
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              <img alt="" id="Figure1" src="https://static.igem.org/mediawiki/2021/d/de/T--Vilnius-Lithuania--placeholder.png"/>  
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           <h3 class="index-headline">
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                <b>             Figure 1          
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             Results
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                <b>             .           
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                </b>           Description         
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             Conclusions
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            <h3 class="index-headline">          Headline 3         
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            <p>           Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus              ac enim id metus rutrum blandit sed non dolor. Pellentesque              feugiat odio eu imperdiet rutrum. Duis consectetur porttitor enim,              id elementum nibh tempus in. Nulla ut massa rutrum, ullamcorper              dui et, posuere velit. Cras viverra, tortor at porta pulvinar,              libero eros pulvinar orci, sed pulvinar neque felis eget dui.              Fusce laoreet libero vitae nunc hendrerit consequat. Nunc eget              bibendum turpis. Vestibulum pulvinar interdum mauris nec congue.              Etiam id nunc ac risus dictum semper sed in nisl.         
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           References
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                </b>           Description            
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             <p>          Cras ultrices eu massa vitae congue. Vestibulum arcu enim, congue              id lacus at, laoreet fringilla tortor. Praesent libero nunc,              maximus vel suscipit nec, fringilla sed augue. Praesent porttitor              vehicula efficitur. Aenean ac bibendum lectus. Praesent vestibulum              velit ut nunc accumsan, non molestie erat pretium. In a ante              vulputate, semper sapien at, tristique erat. Morbi vitae euismod              eros, at pulvinar erat. Vivamus auctor arcu sed tellus egestas,              vitae imperdiet eros viverra. Nulla molestie sapien vitae ipsum              pulvinar dictum. Sed sit amet dolor a neque dictum malesuada et              nec lectus. Aenean tristique ornare nisl, at imperdiet magna              placerat eget. Suspendisse ut blandit elit, sit amet iaculis ex.              Nam vel varius velit. Aenean pretium scelerisque enim, quis mollis              nunc finibus eu.         
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              <div>            Trundle, K. Teaching Science During the Early Childhood Years. National Geographic Learning (2010).            
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Revision as of 06:06, 19 October 2021

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MEASUREMENT

Header

Introduction

To evaluate selected promoters’ strength in our chassis, fluorescence measurements were conducted. What is more, they allowed testing novel mRNA cyclization in our system.

Calibration

Before the actual fluorescence measurement, we performed calibration with the iGEM measurement kit according to the standard protocol. This calibration allowed us to choose the most appropriate gain settings in the plate reader. The obtained curve can be seen in figure 1 below.

Fig. 1. Fluorescence measurement calibration curve

Measurement

At first, the fluorescence of bacteria containing pTRKH2+sfGFP or pTRKH2+loop+sfGFP plasmids with different promoters was measured.

After literature analysis, it was decided to repeat the experiment while using longer sequence protein TAL fused with sfGFP. The measurements were performed in E. coli Nissle 1917 as well as in E. coli DH5α and in different temperatures.

Measurements were done according to the protocol from “Protocols and materials” document.

Results

Conclusions

References